ニキビの跡が、赤み・色素沈着・凹凸/クレーターなどになってしまうのは、ニキビによって皮膚にダメージを受けてしまう事が原因です。
まずは、正常な肌の状態とニキビが出来るプロセスについて、順を追って説明します。

正常な肌の仕組み

人間の皮膚は図のように3つの層に分かれています。

表皮

肌の一番外側にある層。
積み重なった表皮細胞で構成されている。

真皮

表皮と皮下組織の間の層。
コラーゲン線維、エラスチン線維、水分などで構成されている

皮下組織

肌の一番内側の層。
ほとんどが皮下脂肪で構成されている。

一番外側の表皮は約0.2mmという薄さですが、その中はさらに以下の4つの層に分かれています。

基底層

表皮の一番内側の層。真皮にある毛細血管から栄養を受け取って、細胞分裂をする事で表皮を作る。

有棘層

表皮で一番厚い層。体内に侵入した異物に反応する役割がある。

顆粒層

2、3層の細胞で構成された層。紫外線から肌を守る役割がある。

角質層

死んだ表皮細胞で構成された層。外部刺激・紫外線・異物の侵入を防ぐ役割がある。

表皮部分は常に新陳代謝を繰り返している。

一番内側の基底層から表面の角質に向かって細胞分裂を繰り返し、やがて剥がれ落ちていきます。
この新陳代謝はターンオーバーとも呼ばれ、基底層の細胞が剥がれ落ちるまでのペースは平均で28日と言われています。

毛穴には皮脂腺と呼ばれる器官があり、常に皮脂を分泌しています。
分泌された皮脂は皮膚の表面に行き渡り、保湿を行ったり、肌の表面を弱酸性に保つことで細菌の繁殖を防いでいます。

ニキビができるプロセス

初期ニキビ
ターンオーバーが正常な皮膚の場合、分泌された皮脂は毛穴の外に排出されていきます。
しかし、古い角質が剥がれ落ちずに毛穴を塞いでしまったり、皮脂と老廃物が混ざり合ってできた角栓が毛穴に詰まってしまうと、皮脂は外に排出する事ができなくなり、皮脂腺の中に溜まっていってしまいます。

白ニキビと黒ニキビ
皮脂が排出できない状態が続くと、分泌された皮脂は毛穴の中に溜まっていってしまいます。
この状態が、いわゆるニキビ・吹き出物・面皰(めんぽう、コメド)などと呼ばれる状態です。
古い角質によって毛穴がふさがった結果できるニキビを「白ニキビ」、毛穴に角栓が詰まった結果できるニキビは「黒ニキビ」と呼ばれます。

赤ニキビ
毛穴の中に溜まった皮脂によってアクネ菌の繁殖が活発化すると、毛穴周辺の組織は炎症を起こしてしまいます。
また、毛穴に溜まった皮脂によって詰まった毛穴部分が外側に押し出される為、赤いブツブツとしたできものが肌表面に表れます。
この「赤ニキビ」の炎症によって、肌がダメージを受けた皮膚に表れるのがニキビ跡です。

重症化したニキビ
赤ニキビの内に適切な治療を行わなかったり、無理矢理つぶしてしまった場合、膿をもった黄ニキビと呼ばれる状態まで重症化してしまいます。
ここまで悪化すると皮膚の炎症は毛穴周辺だけでなく、真皮や皮下組織までダメージを与えてゆきます。
真皮や皮下組織まで傷ついてしまうと、高確率でクレーターやシコリなどの凹凸状のニキビ跡が肌に残ってしまいます。